Sau năm 1975, huyện Ba Tơ có 14 xã: Ba Bích, Ba Dung, Ba Trung, Ba Điền, Ba Dinh, Ba Đình, Ba Động, Ba Lế, Ba Nam, Ba Ngạc, Ba Tiêu, Ba Trang, Ba Vinh, Ba Xa.

Ngày 12 tháng 3 năm 1987, thành lập thị trấn Ba Đình, thị trấn huyện lỵ huyện Ba Tơ trên cơ sở sáp nhập các thôn Đá Bàng, Tài Năng (xã Ba Đình); thôn Vã Nhăn, Con Dung (xã Ba Dung); thôn Tài Năng 1, Tài Năng 2 (xã Ba Trung); giải thể xã Ba Đình, sáp nhập thôn Dốc Mốc vào xã Ba Trung và thôn Đồng Dinh vào xã Ba Dinh; đổi tên xã Ba Trung thành xã Ba Cung; đổi tên xã Ba Dung thành xã Ba Chùa.

Năm 1990, đổi tên thị trấn Ba Đình thành thị trấn Ba Tơ; chia xã Ba Tiêu thành hai xã lấy tên là xã Ba Tiêu và xã Ba Vì.

Năm 1993, thành lập xã Ba Liên trên cơ sở một phần diện tích và dân số của các xã Ba Động, Ba Cung; thành lập xã Ba Thành trên cơ sở một phần diện tích tự nhiên và dân số của các xã Ba Động, Ba Vinh; thành lập xã Ba Tô trên cơ sở một phần diện tích và dân số của các xã Ba Dinh, Ba Tiêu, Ba Vì, Ba Nam.

Ngày 23 tháng 6 năm 1999, thành lập xã Ba Khâm trên cơ sở 5.150 ha diện tích tự nhiên và 1.247 nhân khẩu của xã Ba Trang.

Ngày 10 tháng 3 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định số 20/NĐ-CP.[2] Theo đó, điều chỉnh 1.019 ha diện tích tự nhiên của xã Phổ Phong thuộc huyện Đức Phổ về xã Ba Liên thuộc huyện Ba Tơ quản lý.

Sau khi điều chỉnh, xã Ba Liên thuộc có 4.112 ha diện tích tự nhiên và 935 người. Huyện Ba Tơ có 113.254 ha diện tích tự nhiên và 46.449 người.

Ngày 23 tháng 12 năm 2008, thành lập xã Ba Giang trên cơ sở điều chỉnh 5.419,82 ha diện tích tự nhiên và 1.521 nhân khẩu của xã Ba Dinh.

Ngày 1 tháng 2 năm 2020, giải thể xã Ba Chùa, địa bàn sáp nhập vào thị trấn Ba Tơ và xã Ba Dinh.[3]

Huyện Ba Tơ có 1 thị trấn và 18 xã như hiện nay.